农学系围绕现代农业产业链对现代农业产业技术技能人才的需求，开设动物医学（3+2）专本贯通、现代农业技术（定制村干）、畜牧兽医、动物医学、食品检验检测技术、食品智能加工技术、现代农业技术、园林技术等多个高职专业，中职开设作物生产技术、旅游服务与管理2个专业。以现代农业技术为核心构建的现代农业技术与服务专业群是学院山东省优质高等职业院校建设重点建设的专业群之一。2024年，动物医学专业群被列为枣庄职业学院校级高水平群进行重点建设和发展。